Luonnonsuojelulain mukaisena luonnonmuistomerkkinä voidaan rauhoittaa puu, puuryhmä, siirtolohkare tai muu niitä vastaava luonnonmuodostuma, joka on aiheellista suojella sen kauneuden, harvinaisuuden, maisemallisen merkitykset, tieteellisen arvon tai muun vastaavan syyn vuoksi. Kunta päättää alueen omistajan hakemuksesta tai suostumuksella yksityisen omistamalla maalla olevan luonnonmuistomerkin rauhoittamisesta.
Maanomistaja voi hakea luonnonmuistomerkin rauhoittamista vapaamuotoisella hakemuksella tai käyttämällä Metsähallituksen lomakepohjaa. Hakemus osoitetaan Mikkelin seudun ympäristölautakunnalle, joka toimii Mikkelissä, Hirvensalmella, Kangasniemellä, Mäntyharjussa ja Pertunmaalla luonnonmuistomerkin rauhoittamisesta tai rauhoittamisen lakkauttamisesta päättävänä viranomaisena. Metsähallituksen sivulla on lomakkeet luonnonmuistomerkin rauhoittamiseksi ja rahoittamisen purkamiseksi, ja yleisohje luonnonmuistomerkeistä.
Mikkelin seudun ympäristöpalvelut on koonnut vuosina 2017-2018 raportin Mikkelin, Hirvensalmen, Mäntyharjun, Pertunmaan ja Kangasniemen luonnonmuistomerkeistä. Luonnonsuojelulain 23 §:n nojalla rauhoitettuja luonnonmuistomerkkejä oli vuoden 2018 lopussa Mikkelissä 34, Hirvensalmella 2, Mäntyharjussa 3, Pertunmaalla 4 ja Kangasniemellä 2 kpl. Raportti luonnonmuistomerkeistä.