Mikkelin kaupungin organisaatio on järjestetty kolmeksi palvelualueeksi: asumisen ja toimintaympäristön palvelualue, konserni- ja elinvoimapalvelut ja sivistyksen ja hyvinvoinnin palvelualue.
Sosiaali- ja terveyspalvelut sekä pelastuspalvelut
Sosiaali- ja terveyspalvelut sekä pelastuspalvelut Mikkelissä järjestää Etelä-Savon hyvinvointialue Eloisa.