Mikkelin kaupungin organisaatio on järjestetty kolmeksi palvelualueeksi:
Asuminen ja toimintaympäristö, konserni- ja elinvoimapalvelut ja sivistys ja hyvinvointi.
Sosiaali- ja terveyspalvelut
Sosiaali- ja terveyspalvelut järjestää Mikkelissä 1.1.2023 toimintansa aloittanut Etelä-Savon hyvinvointialue Eloisa.